Baginda telah dilantik sebagai Pemangku Raja Perlis pada 12 Disember 2001 selama lima tahun apabila DYMM Tuanku Syed Sirajuddin Jamalullail dilantik sebagai Seri Paduka Baginda Yang DiPertuan Agong Malaysia ke-12. Tuanku Syed Faizuddin Putra telah dilantik oleh Seri Paduka Baginda Yang DiPertuan Agong sebagai Canselor Kolej Universiti Kejuruteraan Utara Malaysia (KUKUM) yang kemudian dijenamakan semula sebagai Universiti Malaysia Perlis (UniMAP) yang pertama pada 1 September 2003 sehingga ke hari ini.